Trường ĐH Việt Nhật được xây dựng theo mô hình đại học xuất sắc dựa trên nền tảng khoa học cơ bản và công nghệ cao, liên thông liên kết chặt chẽ với các cơ sở giáo dục đại học của Việt Nam và Nhật Bản. Trường đào tạo các trình độ đại học, thạc sĩ và tiến sĩ với tổng qui mô đào tạo khoảng 6.000 người. 

Dự án được triển khai tại 2 địa điểm: Khu Đại học Quốc gia Hà Nội tại Hòa Lạc (hoạt động đào tạo) và Khu Công nghệ cao Hòa Lạc (các trung tâm nghiên cứu).

Theo ước tính của ban soạn thảo dự án, tổng vốn ban đầu để đầu tư xây dựng Trường ĐH Việt Nhật dự kiến khoảng 330 triệu đô la Mỹ, bao gồm: Vốn ODA từ Chính phủ Nhật Bản: hơn 200 triệu đô la Mỹ, Vốn đối ứng của Chính phủ Việt Nam: khoảng 30 triệu đô la Mỹ và vốn tài trợ từ các doanh nghiệp, tổ chức Nhật Bản: khoảng 100 triệu đô la Mỹ.

Dự án được chia các giai đoạn cơ bản sau: từ năm 2013 đến năm 2016 là giai đoạn chuẩn bị vốn, cơ sở vật chất, đội ngũ cán bộ; Giai đoạn từ 2016-2019 sẽ chính thức vận hành và đào tạo học viên trình độ sau đại học (chương trình thạc sĩ) một số ngành/chuyên ngành KHCN mũi nhọn và chuẩn bị tiềm lực để đào tạo tiến sĩ và cử nhân ở giai đoạn sau. Giai đoạn này cũng sẽ hoàn thành công tác chuẩn bị đầu tư và khởi công dự án đầu tư xây dựng cơ sở Trường Đại học Việt Nhật tại khu Đại học Quốc gia Hà Nội và khu Công nghệ cao tại Hòa Lạc. Hoàn thành và đưa vào khai thác cơ sở của Trường Đại học Việt Nhật tại khu Công nghệ cao Hòa Lạc. Giai đoạn từ năm 2019 đến 2022 mở rộng đào tạo trình độ tiến sĩ và cử nhân, bên cạnh đó hoàn thiện các hạng mục xây dựng của Trường tại các cơ sở thuộc khu Đại học Quốc gia Hà Nội tại Hòa Lạc.

Giai đoạn từ năm 2022 đến 2025, hoàn thiện đồng bộ cơ sở vật chất của Trường Đại học Việt Nhật, đưa vận hành hoạt động đầy đủ công suất tại cả 3 cơ sở của Trường thuộc Khu Công nghệ cao Hòa Lạc, thuộc khu ĐHQGHN tại Hòa Lạc theo mô hình đại học nghiên cứu.

Trường cung cấp nguồn nhân lực và các kết quả nghiên cứu chất lượng cao, góp phần gia tăng các yếu tố cạnh tranh và phát triển kinh tế tri thức của cả Việt Nam và Nhật Bản. Trường ĐH Việt Nhật chính là biểu tượng hợp tác về giáo dục, khoa học và văn hóa giữa hai nước Việt Nam và Nhật Bản.

- Về mô hình phát triển: Trường Đại học Việt Nhật là trường đại học công lập, thành viên của Đại học Quốc gia Hà Nội, là một trường đại học mang tính liên ngành cao đạt tiêu chuẩn đẳng cấp hàng đầu Châu Á, có sự liên thông, liên kết hữu cơ với các đơn vị thành viên và đơn vị trực thuộc của Đại học Quốc gia Hà Nội, các doanh nghiệp Việt Nam, Diễn đàn Doanh nghiệp Việt Nhật, Khu công nghệ cao Hòa Lạc.

- Về sản phẩm đào tạo: Trường Đại học Việt Nhật đào tạo nguồn nhân lực chất lượng cao trong cả hai lĩnh vực khoa học công nghệ và khoa học xã hội nhân văn. Chương trình đào tạo tiên tiến, gắn đào tạo với nghiên cứu khoa học, gắn nghiên cứu khoa học với chuyển giao tri thức phục vụ doanh nghiệp Việt Nam, Nhật Bản và các nước khác.

- Về đội ngũ giảng viên: Trường Đại học Việt Nhật phát huy tối đa vai trò của các giảng viên Nhật Bản đến từ các đại học đối tác. Trường Đại học Việt Nhật và các trường đại học thành viên khác của Đại học Quốc gia Hà Nội có cơ chế sử dụng linh hoạt, liên thông liên kết về giảng viên, nghiên cứu viên.

- Về cơ sở vật chất: Trường Đại học Việt Nhật được đầu tư xây dựng đồng bộ, hiện đại theo tiêu chuẩn quốc tế. Với mục tiêu trở thành một trường đại học hàng đầu châu Á, quy mô xây dựng cơ sở tại 2 địa điểm (Khu công nghệ cao Hòa Lạc, khu Đại học Quốc gia Hà Nội tại Hòa Lạc) với đầu tư trang thiết bị ngang tầm với các trường đại học hàng đầu trong khu vực.

- Về tài chính: Nguồn tài chính đảm bảo cho sự hình thành và hoạt động của Trường Đại học Việt Nhật đến từ các nguồn của Chính phủ (vốn ODA từ Chính phủ Nhật Bản và vốn đối ứng của Chính phủ Việt Nam), đặc biệt là nguồn vốn đến từ sự cam kết hỗ trợ của các doanh nghiêp Nhật Bản đảm bảo cho cho sự hoạt động hiệu quả và bền vững cao của Trường (giai đoạn thực hiện dự án khoảng 100 triệu đôla Mỹ).

- Về công tác đảm bảo chất lượng: Các chương trình đào tạo củaTrường Đại học Việt Nhật đều được cơ quan kiểm định khu vực và quốc tế tổ chức kiểm định và được các trường đại học có uy tín ở nước ngoài công nhận.

Như vậy, Trường Đại học Việt Nhật sẽ khai thác được các nguồn lực và lợi thế của ĐHQGHN để nhanh chóng phát triển đạt chuẩn quốc tế.