1) ĐHQGHN là đầu mối được Chính phủ giao các chỉ tiêu, kế hoạch hàng năm; có tư cách pháp nhân, có con dấu mang hình Quốc huy. Giám đốc và các Phó Giám đốc ĐHQGHN do Thủ tướng Chính phủ bổ nhiệm, miễn nhiệm.  

2) Các trường đại học, viện nghiên cứu khoa học thành viên; các khoa, trung tâm đào tạo, nghiên cứu khoa học và công nghệ; các đơn vị phục vụ công tác đào tạo, nghiên cứu khoa học trực thuộc ĐHQGHN là các đơn vị cơ sở có tư cách pháp nhân, có con dấu và tài khoản riêng.

3) Các khoa, phòng nghiên cứu và tương đương thuộc trường đại học, viện nghiên cứu khoa học thành viên và các đơn vị trực thuộc.

ĐHQGHN hoạt động theo cơ chế tự chủ, tự chịu trách nhiệm cao; được làm việc trực tiếp với các Bộ, cơ quan ngang Bộ, cơ quan thuộc Chính phủ, Ủy ban nhân dân tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương về những vấn đề liên quan đến hoạt động và phát triển của ĐHQGHN. Các trường đại học, viện nghiên cứu khoa học thành viên thuộc ĐHQGHN là những cơ sở đào tạo, nghiên cứu khoa học và công nghệ có quyền tự chủ cao, có pháp nhân như các trường đại học, viện nghiên cứu khoa học khác được quy định trong Luật Giáo dục, Luật Giáo dục đại học và Luật Khoa học - Công nghệ.

Đại học Đông Dương được thành lập theo Quyết định số 1514a ngày 16/5/1906 của Toàn quyền Đông Dương, đặt trụ sở tại số 19 phố Lê Thánh Tông, quận Hoàn Kiếm, thành phố Hà Nội (thời Pháp thuộc là phố Boulevard Bobillot).

Trên cơ sở Đại học Đông Dương, Trường Đại học Quốc gia Việt Nam được thành lập, khai giảng khoá đầu tiên vào ngày 15/11/1945 dưới sự chủ toạ của Chủ tịch Hồ Chí Minh. Đây là trường đại học đa ngành, đa lĩnh vực đầu tiên được thành lập dưới chính thể Việt Nam Dân chủ Cộng hoà. Trụ sở của Trường vẫn đặt tại số 19 phố Lê Thánh Tông, Hà Nội.

Nhà nước ta thành lập Trường Khoa học Cơ bản (tại Chiến khu Việt Bắc). Đây là một trong những Trường tiền thân của Trường Đại học Tổng hợp Hà Nội sau này.

Theo Quyết định số 2183/TC ngày 04/6/1956 của Chính phủ, Trường Đại học Tổng hợp Hà Nội và Trường Đại học Sư phạm Hà Nội được thành lập.

Trường Đại học Tổng hợp Hà Nội (ĐHTH) là trường đại học khoa học cơ bản (khoa học tự nhiên và khoa học xã hội & nhân văn) đầu tiên ở miền Bắc sau hoà bình lập lại. Trường ĐHTH Hà Nội trực tiếp kế thừa truyền thống và cơ sở vật chất, kỹ thuật của Đại học Đông Dương (1906), Trường Đại học Quốc gia Việt Nam (1945) và Trường Khoa học Cơ bản (1951).

Trong Trường Đại học Sư phạm Hà Nội có Khoa Ngoại ngữ, sau này phát triển thành Trường Đại học Sư phạm Ngoại ngữ Hà Nội.

Trường Đại học Sư phạm Ngoại ngữ Hà Nội được thành lập trên cơ sở Khoa Ngoại ngữ của Trường Đại học Sư phạm Hà Nội.

Với tầm nhìn chiến lược, Đảng và Nhà nước ta đã xác định giáo dục và khoa học - công nghệ là quốc sách hàng đầu. Theo phương châm đó, ngày 14/01/1993, Hội nghị lần thứ tư Ban chấp hành Trung ương Đảng Cộng sản Việt Nam (Khóa VII) đã ra Nghị quyết, trong đó chỉ rõ nhiệm vụ “xây dựng một số trường đại học trọng điểm quốc gia” để làm đầu tầu và nòng cột cho giáo dục đại học nước nhà. Đại học Quốc gia Hà Nội (ĐHQGHN) được thành lập với vai trò và sứ mệnh đó.

ĐHQGHN được thành lập trên cơ sở tổ chức, sắp xếp lại 3 trường đại học lớn ở Hà Nội: Trường Đại học Tổng hợp Hà Nội, Trường Đại học Sư phạm Hà Nội I và Trường Đại học Sư phạm Ngoại ngữ Hà Nội (theo Nghị định số 97/CP ngày 10/12/1993 của Chính phủ). ĐHQGHN hoạt động theo Quy chế về Tổ chức và hoạt động do Thủ tướng Chính phủ ban hành theo Quyết định số 477/QĐ-TTg ngày 05/9/1994.

Cho đến năm 2000, ĐHQGHN có 05 trường đại học, 01 viện nghiên cứu: Trường Đại học Khoa học Tự nhiên, Trường Đại học Khoa học Xã hội và Nhân văn, Trường Đại học Ngoại ngữ, Trường Đại học Sư phạm, Trường Đại học Đại cương và một số đơn vị khác.

Năm 1998, Chính phủ ban hành Nghị định về việc xóa bỏ Trường Đại học Đại cương.

Trong năm 2000, Trường Đại học Sư phạm tách khỏi cơ cấu tổ chức ĐHQGHN trở thành trường đại học trực thuộc Bộ Giáo dục và Đào tạo. Vào thời điểm này, ĐHQGHN mới có các ngành và lĩnh vực: toán và khoa học tự nhiên, công nghệ thông tin và điện tử viễn thông (Trường Đại học Khoa học Tự nhiên), khoa học xã hội và nhân văn, kinh tế, luật (Trường Đại học Khoa học Xã hội và Nhân văn) và ngoại ngữ.

Để tiếp tục tạo điều kiện thuận lợi cho hai Đại học Quốc gia phát triển, Thường vụ Bộ Chính trị đã có Kết luận số 315-TB/TW ngày 29/8/2000, nêu rõ: “Chủ trương xây dựng hai Đại học Quốc gia thành những trung tâm đào tạo, nghiên cứu khoa học và chuyển giao công nghệ đa ngành, đa lĩnh vực, chất lượng cao, ngang tầm khu vực, dần đạt trình độ quốc tế là hoàn toàn đúng đắn, phù hợp với yêu cầu phát triển của đất nước và xu hướng phát triển giáo dục đại học của khu vực và thế giới... Đại học Quốc gia chịu sự quản lý nhà nước của Bộ Giáo dục và Đào tạo, của các bộ, ngành khác trong lĩnh vực liên quan phù hợp theo quy định của Chính phủ và Luật Giáo dục, đảm bảo quyền tự chủ cao trong các hoạt động về đào tạo, nghiên cứu khoa học công nghệ, tài chính, quan hệ quốc tế, tổ chức bộ máy và nhân sự của Đại học Quốc gia; tạo cho được Đại học Quốc gia trở thành một thực thể hữu cơ phát huy cao nhất hiệu quả của việc xây dựng và sử dụng đội ngũ giáo viên, phòng thí nghiệm, cơ sở vật chất...”.

Thực hiện Kết luận của Thường vụ Bộ Chính trị, Chính phủ ban hành Nghị định số 07/2001/NĐ-CP ngày 01/02/2001 về ĐHQG; ngày 12/02/2001 Thủ tướng Chính phủ ra Quyết định số 14/2001/QĐ-TTg và Quyết định số 16/2001/QĐ-TTg về việc tổ chức lại và ban hành Quy chế về Tổ chức và hoạt động của ĐHQG. Đây là mốc lịch sử quan trọng đánh dấu bước phát triển mới của ĐHQGHN.

Theo Quyết định số 14/2001/QĐ-TTg, ĐHQGHN có 03 trường đại học thành viên: Trường Đại học Khoa học Tự nhiên, Trường Đại học Khoa học Xã hội và Nhân văn, Trường Đại học Ngoại ngữ; Viện Công nghệ Thông tin; các khoa, trung tâm nghiên cứu trực thuộc; các đơn vị phục vụ; Văn phòng và các Ban chức năng.

Ngày 20/12/2003, Thủ tướng Chính phủ Phan Văn Khải đã chính thức động thổ xây dựng ĐHQGHN tại Hoà Lạc.

Ngày 19/3/2004, thành lập Viện Việt Nam học và Khoa học phát triển theo Quyết định số 40/2004/QĐ-TTg của Thủ tướng Chính phủ nước Cộng hoà Xã hội Chủ nghĩa Việt Nam trên cơ sở Trung tâm Nghiên cứu Việt Nam và Giao lưu văn hóa trực thuộc ĐHQGHN. Trung tâm này là sự tiếp nối Trung tâm Hợp tác nghiên cứu Việt Nam (Trường ĐHTH Hà Nội) do Bộ trưởng Bộ Giáo dục và Đào tạo ký Quyết định thành lập số 529/QĐ ngày 17/5/1989.

Ngày 25/5/2004, thành lập Trường Đại học Công nghệ trên cơ sở nâng cấp và phát triển Khoa Công nghệ và Trung tâm Hợp tác Đào tạo và Bồi dưỡng Cơ học trực thuộc ĐHQGHN theo Quyết định số 92/2004/QĐ-TTg củaThủ tướng Chính phủ.

Ngày 06/3/2007, thành lập Trường Đại học Kinh tế trên cơ sở nâng cấp Khoa Kinh tế, theo Quyết định số 290/QĐ-TTg của Thủ tướng Chính phủ.

Ngày 24/5/2007, thành lập Viện Vi sinh vật và Công nghệ sinh học trên cơ sở nâng cấp Trung tâm Công nghệ sinh học, theo Quyết định số 661 QĐ-TTg của Thủ tướng Chính phủ.

Ngày 03/4/2009, thành lập Trường Đại học Giáo dục trên cơ sở Khoa Sư phạm theo Quyết định số 441/QĐ-TTg của Thủ tướng Chính phủ

Trong năm này Giám đốc ĐHQGHN đã ký quyết định thành lập 02 đơn vị trực thuộc: Trung tâm Nghiên cứu Biển và Đảo và Trung tâm Quốc tế Nghiên cứu Biến đổi Toàn cầu.

Trong năm 2010, thành lập các đơn vị trực thuộc: Trung tâm Nghiên cứu Đô thị, Khoa Y dược, Trung tâm Ứng dụng công nghệ thông tin và nâng cấp Trung tâm Đảm bảo chất lượng đào tạo và Nghiên cứu phát triển giáo dục thành Viện Đảm bảo Chất lượng Giáo dục trực thuộc ĐHQGHN.

Ngày 15/11/2010, Bộ Giáo dục và Đào tạo giao cho ĐHQGHN phối hợp với Tổ chức AUPELF-UREF (nay là Cơ quan Đại học Pháp ngữ - AUF) tổ chức, quản lý và điều hành Viện Tin học Pháp ngữ theo Quyết định số 5206/QĐ-BGDĐT của Bộ trưởng Bộ Giáo dục và Đào tạo.

Trong năm 2011, thành lập các đơn vị trực thuộc: Trung tâm Nhân lực Quốc tế, Trung tâm Phát triển ĐHQGHN, Bệnh viện ĐHQGHN, Trung tâm Hợp tác và Chuyển giao tri thức,
và Trung tâm Nano và Năng lượng.

Đến nay, về cơ bản ĐHQGHN đã trở thành một trung tâm đào tạo đại học, sau đại học, nghiên cứu khoa học và chuyển giao tri thức đa ngành, đa lĩnh vực chất lượng cao gồm tổng số 43 đơn vị trong đó bao gồm: 09 đơn vị thành viên với 06 trường đại học thành viên (có quyền tự chủ, tự chịu trách nhiệm cao, có tư cách pháp nhân như các trường đại học trực thuộc Bộ Giáo dục và Đào tạo) và 03 viện nghiên cứu thành viên; 05 khoa trực thuộc; 14 đơn vị đào tạo và nghiên cứu trực thuộc (gồm 02 viện và 12 trung tâm đào tạo và nghiên cứu), 15 đơn vị phục vụ đào tạo và nghiên cứu trực thuộc.

Mặc dù còn một số khó khăn, nhưng Nghị định số 07/2001/NĐ-CP ngày 01/02/2001 về ĐHQG và Quy chế về Tổ chức và hoạt động của ĐHQG ban hành theo Quyết định số 16/2001/QĐ-TTg ngày 12/02/2001 của Thủ tướng Chính phủ đã tạo điều kiện thuận lợi cho ĐHQG phát huy được quyền tự chủ, tự chịu trách nhiệm cao trong sự quản lý nhà nước của Bộ Giáo dục và Đào tạo và các Bộ liên quan trong các hoạt động về tổ chức bộ máy, nhân sự, tài chính, hợp tác quốc tế, đào tạo, nghiên cứu khoa học; hình thành được mô hình đơn vị sự nghiệp giáo dục có thực thể hữu cơ, liên thông, liên kết, hợp tác toàn diện giữa các đơn vị thành viên và đơn vị trực thuộc, khai thác hiệu quả mọi nguồn lực, lợi thế đa ngành, đa lĩnh vực, sự đa dạng và thế mạnh của từng đơn vị trong ĐHQGHN để nâng cao chất lượng mọi hoạt động, gia tăng các giá trị, tạo nên các sản phẩm độc đáo, có sức cạnh tranh cao; được tổ chức QS xếp hạng vào nhóm 250 các trường đại học hàng đầu Châu Á trong đó lĩnh vực khoa học tự nhiên xếp thứ 61, lĩnh vực khoa học sự sống và y sinh xếp thứ 84 (topuniversities.com), góp phần nâng cao vị thế, thương hiệu của từng đơn vị, của ĐHQGHN và của cả hệ thống giáo dục đại học Việt Nam; tích cực thúc đẩy quá trình công nghiệp hóa, hiện đại hóa và hội nhập quốc tế của đất nước.

Đánh giá mô hình các đại học, Phó Thủ tướng Nguyễn Thiện Nhân đã khẳng định ĐHQGHN đã đi đúng hướng trong việc xây dựng và phát triển mô hình đại học đa ngành, đa lĩnh vực chất lượng cao theo Nghị định số 07/2001/NĐ-CP của Chính phủ và Quy chế số 16/2001/QĐ-TTg của Thủ tướng Chính phủ (nguồn: Báo điện tử Chính phủ).

Triển khai thực hiện Luật Giáo dục đại học, ĐHQGHN đang tích cực phối hợp với Bộ Giáo dục và Đào tạo để soạn thảo dự thảo Nghị định về ĐHQG và Quy chế về Tổ chức và hoạt động của ĐHQG, trình Chính phủ, Thủ tướng Chính phủ ban hành thay thế cho Nghị định số 07/2001/NĐ-CP và Quy chế số 16/2001/QĐ-TTg.