Báo cáo tại hội thảo, ông Nguyễn Trường Giang, Vụ trưởng Vụ Hành chính Sự nghiệp, Bộ Tài chính cho rằng cơ chế tài chính đối với giáo dục đại học hiện nay còn nhiều bất cập. Mức học phí thấp không đủ bù đắp chi thường xuyên. Nhà nước thực chất đang hỗ trợ học phí cho người giàu. Việc phân bổ ngân sách nhà nước cho các cơ sở đào tạo công lập mang tính bình quân, chưa gắn với nhu cầu đào tạo, cơ cấu ngành nghề, chất lượng đào tạo. Cơ chế tự chủ cho phép các trường quyết định mức chi song không được tự chủ về mức thu học phí, dẫn đến thu không đủ bù đắp chi phí hoạt động thường xuyên. Do đó việc thực hiện tự chủ tài chính không thực chất.

Trong báo cáo của mình, TS. Phạm Vũ Thắng chỉ rõ: Chi phí đơn vị thực tế đào tạo một sinh viên đại học Việt Nam trong một năm rất thấp so với mặt bằng quốc tế. Mức chi phí thấp nhất là 4,85 triệu đồng ở nhóm ngành Kinh tế, Tài chính, Ngân hàng, Pháp lý. Mức chi phí cao nhất thuộc nhóm ngành Y dược đạt 18,09 triệu đồng/sinh viên/năm. Mức chi phí đơn vị trung bình cho 8 nhóm ngành nghiên cứu chỉ đạt 6,04 triệu đồng, tương ứng với khoảng 300 đôla. So sánh với mặt bằng quốc tế, cách đây 12 năm (năm 2000), Malaysia đã chi xấp xỉ 8000 đôla/ năm để đào tạo một sinh viên. Các nước phát triển như Anh quốc chi khoảng 15,000 đôla cho một sinh viên năm 2010. Thụy Điển dẫn đầu với mức chi phí là gần 17,000 đôla (theo báo cáo của Ngân hàng Thế giới năm 2012). Với mức chi phí đào tạo thấp như vậy, các trường chưa đủ chi hoạt động thì khó có thể nói đến vấn đề đảm bảo chất lượng giáo dục.

PGS.TS. Phùng Xuân Nhạ phát biểu kết luận: Thực trạng những bất cập của tài chính giáo dục đại học đã rõ. Vấn đề bây giờ là cần hành động để thay đổi. Bộ Tài chính và Bộ Giáo dục và Đào tạo đã đề xuất giải pháp thí điểm tự chủ với mức thu học phí cao, đủ bù đắp chi phí tại một số trường đại học ở một số ngành nghề có nhu cầu xã hội cao, người học và gia đình sẵn sàng đóng học phí cao để theo học. Việc thí điểm không làm ảnh hưởng đến toàn xã hội. ĐHQGHN sẵn sàng thí điểm một số ngành đào tạo ngay trong năm 2013.