Ngày 17/9/2010, Thủ tướng Chính phủ Nguyễn Tấn Dũng đã ký Quyết định số 1729/QĐ-TTg bổ nhiệm có thời hạn PGS.TS Phùng Xuân Nhạ - Hiệu trưởng Trường Đại học Kinh tế, Đại học Quốc gia Hà Nội giữ chức vụ Phó Giám đốc Đại học Quốc gia Hà Nội.
Trước đó, thực hiện qui trình bổ nhiệm cán bộ lãnh đạo, ngày 29/6/2010, ĐHQGHN đã tổ chức Hội nghị cán bộ chủ chốt lấy phiếu tín nhiệm nhân sự bổ nhiệm Phó Giám đốc ĐHQGHN. Tại Hội nghị, các cán bộ chủ chốt của ĐHQGHN đã nghe GS.TS Mai Trọng Nhuận – Giám đốc ĐHQGHN giới thiệu thông tin cơ bản về quá trình công tác của PGS.TS Phùng Xuân Nhạ - nhân sự được Ban Thường vụ Đảng ủy và Ban Giám đốc giới thiệu trình hội nghị để lấy phiếu tín nhiệm bổ nhiệm Phó Giám đốc ĐHQGHN. Các đại biểu đã bỏ phiếu tín nhiệm đối với PGS.TS Phùng Xuân Nhạ.
Tại Đại hội Đảng bộ Đại học Quốc gia Hà Nội lần thứ IV diễn ra từ ngày 11 đến 13/8/2010, PGS.TS Phùng Xuân Nhạ đã được bầu vào Ban Thường vụ Đảng ủy khóa IV và trở thành Phó Bí thư Đảng ủy ĐHQGHN khóa IV.