Hàng năm, song song với việc tổng kết năm học, Trường ĐHKT - ĐHQGHN đều tiến hành xây dựng kế hoạch nhiệm vụ năm học mới. Việc xây dựng kế hoạch được tuân thủ theo quy trình ISO với hệ thống các chỉ tiêu kế hoạch được cụ thể hóa và định lượng để có thể kiểm đếm rõ ràng. Theo đó, ở cấp trường, Ban Giám hiệu đưa ra định hướng, các nhiệm vụ trọng tâm và khung chỉ tiêu lớn của các mảng hoạt động đào tạo, nghiên cứu khoa học, tổ chức nhân sự,...
Trên cơ sở định hướng và các nhiệm vụ trọng tâm, các đơn vị căn cứ vào năng lực, điều kiện cụ thể và mục tiêu cần phấn đấu của đơn vị mình để đề xuất kế hoạch nhiệm vụ chi tiết kèm theo các điều kiện thực hiện về tài chính, nhân lực và cơ sở vật chất. Căn cứ bản đề xuất kế hoạch nhiệm vụ của các đơn vị, các phòng chức năng trong đó Phòng Kế hoạch - Tài chính là đầu mối sẽ cân đối và phân bổ các chỉ tiêu kế hoạch thuộc các mảng hoạt động cho các đơn vị trong Trường. Bản kế hoạch giao về cho các đơn vị là kết quả của "sự thống nhất hợp lý” giữa Nhà trường và các đơn vị trực thuộc.
Việc theo dõi và đánh giá tình hình thực hiện kế hoạch cũng được Trường tiến hành xuyên trong suốt quá trình từ khi giao nhiệm vụ đến khi kết thúc năm học. Ngoài ra, Trường còn có mạng lưới gồm các chuyên viên phụ trách công tác kế hoạch ở mỗi đơn vị (phòng/ban/bộ phận/ khoa/trung tâm) trực tiếp tham gia vào công tác theo dõi, đánh giá mức độ hoàn thành.