Một vấn đề lớn đặt ra ngay khi có ĐHQGHN là xác định mốc ra đời của nhà trường. Sau nhiều cuộc họp của các nhà khoa học trong và ngoài ĐHQGHN, trong số đó có người đã từng lãnh đạo ngành đại học, các nhà giáo lão thành, căn cứ trên các đặc điểm cần có của một trường đại học với cái nghĩa hiện đại, khoa học đã đi tới chọn ngày 16/5/1906 là ngày Toàn quyền Đông Dương ra quyết định về việc thành lập Đại học Đông Dương (Université Indochinoise) làm mốc bắt đầu cho ĐHQGHN hiện nay.

Sở dĩ chọn ngày thành lập trường Đại học Đông Dương làm mốc khởi đầu cho ĐHQGHN ngày nay vì trong tiến trình ra đời giáo dục đại học Việt Nam, qua các thời kỳ lịch sử thì phải đến trường Đại học Đông Dương mới là trường đại học đầu tiên theo kiểu hiện đại ở Việt Nam. Điều thứ nhất của Quyết định ngày 16/5/1906 đã khẳng định: "Được thành lập tại Đông Dương, dưới tên gọi trường đại học, một tập hợp các khoá đào tạo đại học cho các sinh viên xứ thuộc địa và các nước láng giềng. Cơ sở đào tạo này có nhiệm vụ phổ biến ở Viễn Đông, chủ yếu là thông qua tiếng Pháp, những kiến thức về các ngành khoa học và các phương pháp châu Âu". Điều 7 của Quyết định xác định cụ thể: "Các khoá học và các trường đã hoặc sẽ được thành lập theo quyết định này sẽ được phân bố giữa các trường đại học khác nhau sau đây:

1 - Luật và Hành chính

2 - Khoa học

3 - Y khoa

4 - Xây dựng

5 - Văn học.

Như vậy, rõ ràng với trường Đại học Đông Dương được thành lập từ năm 1906, tuy còn nhiều hạn chế về mục đích mở trường, mục tiêu đào tạo, thực dân Pháp quyết định mở trường đại học là nhằm giải quyết một số vấn đề chính trị cấp bách lúc đó như ngăn chặn lãn sóng xuất dương cầu học của thanh niên và học sinh Việt Nam, xoá bỏ ảnh hưởng của trường Đông kinh Nghĩa thục mà thực dân Pháp đánh giá là một "cái lò phiến loạn" nên đã đóng cửa (1907), mặt khác cũng là cơ hội để tuyên truyền cho ảnh hưởng và thế lực của Pháp ở Viễn Đông và quét sạch ảnh hưởng của Trung Hoa. Tất nhiên, cùng với các cuộc khai thác thuộc địa ngày càng được đẩy mạnh hơn trước và sau Chiến tranh thế giới thứ nhất (1914-1918) yêu cầu đào tạo sinh viên các ngành kinh tế cũng được mở rộng. Thống trị Bộ thuộc địa ngày 10/10/1920 nhấn mạnh tới yêu cầu phục vụ kinh tế của giáo dục thuộc địa.

Căn cứ vào tình hình đó, có thể khẳng định về cách tổ chức nhà trường, cũng như một phần về chương trình, giáo trình, nội dung và phương pháp giảng dạy và học tập, về cơ sở vật chất (giảng đường, phòng thí nghiệm, bảo tàng động vật...) thì từ trường Đại học Đông Dương năm 1906 với trường Đại học Quốc gia Việt Nam khai giảng ngay sau khi Cách mạng thành công (1945) đến trường Đại học Tổng hợp Hà Nội (1956) và đến ĐHQGHN ngày nay đã không có một sự cách tuyệt, mà có tính kế thừa, nối tiếp và phát triển, nâng cao theo từng thời kỳ lịch sử. Khi thành lập trường Đại học Đông Dương mục tiêu của Pháp là đào tạo lớp người thực hành phục vụ cho việc cai trị, đàn áp và bóc lột nhân dân ta. Nhưng ngoài ý muốn của chính quyền Pháp, phần đông những sinh viên Việt Nam trên cơ sở một truyền thống yêu nước mạnh mẽ đã biết tranh thủ mọi cơ hội để nắm bắt những kiến thức mới, hiện đại, tiến bộ nhất cần thiết để nâng cao trình độ hiểu biết, khả năng tư duy theo phương pháp mới rồi vận dụng đúng, có kết quả vào công cuộc cứu nước từ đầu thế kỷ đã bước vào một thời kỳ phát triển sôi động. Có thể khẳng định không có phong trào yêu nước nào từ những năm đầu thế kỷ XX mà không có sự chủ động tham gia của sinh viên. Hội Phục Việt ra đời năm 1925 với sự có mặt của nhiều sinh viên tiêu biểu của Đại học Đông Dương, như Tôn Quang Phiệt, Đặng Thai Mai, Phan Thiều... và đã đẩy mạnh hoạt động trong các vụ đấu tranh đòi thả Phan Bội Châu, để tang Phan Châu Trinh... Rồi từ Phục Việt đến Hưng Nam, Việt Nam nghĩa đoàn đến Tân Việt cách mạng Đảng, luôn luôn có sự tham gia tích cực của một số sinh viên các trường đại học. Trong tổ chức Việt Nam Quốc dân Đảng ra đời cuối năm 1927 chúng ta cũng thấy có những sinh viên trường Cao đẳng Thương mại như Nguyễn Thái Học. Rồi trong quá trình chuyển biến mạnh mẽ của cách mạng Việt Nam tiến tới thành lập Đảng Cộng sản Việt Nam, những sinh viên tiến bộ luôn luôn có mặt và có phần đóng góp tích cực của mình. Thực dân Pháp đã thẳng tay đàn áp, bắt bớ, tù đày, đuổi học, và nhiều người trong số sinh viên bị đuổi học đã tìm cách xuất dương cầu học và đã trở thành chiến sĩ cộng sản ưu tú sau này như Nguyễn Khánh Toàn.

Tới khi có sự lãnh đạo của Đảng (1930), hoạt động của sinh viên đại học càng có điều kiện mở rộng, đi vào tổ chức. Phong trào ca hát, phong trào báo chí của sinh viên đại học đã góp phần tích cực vào việc hun nóng lòng yêu nước của thanh niên, học sinh, sinh viên trong những ngày tiến tới Tổng khởi nghĩa tháng Tám năm 1945, với những tên tuổi như Lưu Hữu Phước, Mai Văn Bộ, Dương Đức Hiền... Truyền thống đấu tranh yêu nước chống đế quốc xâm lược của sinh viên vẫn không ngừng phát triển qua hai cuộc kháng chiến chống Pháp và chống Mỹ về sau, kể cả sinh viên trong vùng tạm chiếm.

Song song với các hoạt động chính trị, sinh viên đại học thời Pháp thuộc do tinh thần yêu nước mãnh liệt, tinh thần dân tộc sâu sắc còn có những hoạt động văn hoá góp phần nâng cao dân trí (phong trào truyền bá Quốc ngữ), cải thiện đời sống dân nghèo (phong trào Nhà ánh sáng) và đặc biệt là hoạt động xuất bản sách báo phổ biến khoa học, làm từ điển khoa học, sách danh từ khoa học (như Tập chí Khoa học thường thức, sách Danh từ vạn vật học...) với các sinh viên Đào Văn Tiến, Lê Khắc Thiều, Lê Khả Kế... tạo điều kiện thuận lời cho nền giáo dục Việt Nam ngay trong năm học đầu tiên đã có thể dạy bằng tiếng Việt ở tất cả các cấp.

Kiểm điểm lại, có thể khẳng định hầu hết những trí thức lớn ngay sau Cách mạng tháng Tám thành công đã ra đảm nhận các nhiệm vụ của chính quyền cách mạng trên nhiều lĩnh vực đều từ trường Đại học Đông Dương ra như Đặng Thai Mai, Tôn Quang Phiệt, Ca Văn Thỉnh, Phạm Thiều, Nguyễn Khánh Toàn, Vũ Đình Hoè, Đỗ Đức Dục, Tôn Thất Tùng, Trần Đăng Khoa, Lê văn Hiến, Nghiêm Xuân Yêm, Cù Huy Cận...

Nói tóm lại, xét về phương pháp và nội dung đào tạo cũng như xét về sản phẩm đào tạo, chúng ta đều thấy mặc dù có những hạn chế về mục đích đào tạo, trường Đại học Đông Dương thành lập năm 1906 vẫn là một tổ chức đảm bảo các điều kiện - dù còn hạn chế - để được xem như là tiền thân của ĐHQGHN ngày nay.

Truyền thống đại học Việt Nam vì vậy cũng bắt nguồn từ năm đó. Tuy nhiên, cần có sự phân biệt giữa mốc mở đầu truyền thống đại học Việt Nam với ngày truyền thống của ĐHQGHN hiện nay. Mốc mở đầu cho một truyền thống có thể còn có những mặt hạn chế nhất định nhưng ngày truyền thống chỉ có những mặt tích cực, được đánh dấu bằng một sự kiện tiêu biểu, có ‎ nghĩa đặc biệt quan trọng trong đời sống tinh thần của nhà trường. Trong trường hợp ĐHQGHN thì rõ ràng ngày xứng đáng được chọn làm ngày truyền thống là ngày 15/11/1945 - ngày khai giảng trường đại học của chính quyền cách mạng dưới sự chủ tọa của Chủ tịch Hồ Chí Minh, có đông đảo quan khách nước ngoài và trong nước tới dự.

Có một văn bản cho thấy, sau Cách mạng tháng Tám thành công, mặc dù chính quyền cách mạng đang phải lo giải quyết trăm công ngàn việc cấp bách về nội trị lẫn ngoại giao, chính quyền cách mạng đã lo tới việc tổ chức nền đại học nước ta. Sắc lệnh số 45 (ngày 10/10/1945) về việc lập Ban Đại học tại Hà Nội đã được ký (tài liệu Bảo tàng Hồ Chí Minh). Rồi chỉ hơn 1 tháng sau, vào ngày 15/11 đã tổ chức lễ khai giảng trường Đại học Quốc gia Việt Nam. Trong buổi lễ, GS. Nguyễn Văn Huyên đã thay mặt toàn Ban Đại học phát biểu, lúc đó ông là Tổng giám đốc Nha đại học vụ, một chức vụ có thể xem tương đương với chức vụ Giám đốc Đại học Đông Dương thời Pháp thuộc (Recteur d' Université). GS. Nguyễn Văn Huyên nhấn mạnh: "...Buổi lễ hôm nay anh em giáo sư và sinh viên chúng tôi muốn là một dịp để bày tỏ cho thế giới biết rằng trong giờ phút nghiêm trọng của tiền đồ Tổ quốc này, dân tộc Việt Nam, ngoài công cuộc tranh đấu bằng xương máu trên chiến địa cũng nỗ lực tham gia vào công cuộc tiến triển văn hoá của nhân loại. Chúng tôi muốn rằng nền đại học mới này là một lực lượng mạnh trong những lực lượng chiến đấu của dân tộc Việt Nam. Chúng tôi muốn nó là một thành luỹ để trường kỳ kháng chiến phục hồi hoàn toàn lãnh thổ và giải phóng tinh thần cho dân tộc chúng tôi là một dân tộc văn hiến có ngoài nghìn năm lịch sử độc lập và đã tự gây nên được một nền văn minh đặc sắc trên ven biển Thái Bình Dương này". Như vậy là cũng trong tổ chức cũ, Đại học Đông Dương thời Pháp thuộc trước năm 1945 đã được chính quyền cách mạng của Việt Nam cải tạo về mục tiêu đào tạo, về tính chất, chức năng và nhiệm vụ thành trường đại học của quốc gia độc lập Việt Nam, thành một Đại học Quốc gia - tiền thân của Đại học Quốc gia Hà Nội hiện nay.

Từ Đại học Đông Dương ra đời năm 1906 đến Đại học Quốc gia Hà Nội ra đời năm 1945, đó là một sự tiếp nối không ngừng được nâng cao. Vì lẽ đó, tổ chức lễ kỷ niệm 100 năm thành lập Đại học Quốc gia Hà Nội (16/5/1096 - 16/5/2006) với mốc năm 1906 là một quyết định đúng đắn và hợp lý, có ý nghĩa mở đầu cho truyền thống lâu dài, trong truyền thống đó sự kiện lễ khai giảng trường Đại học Quốc gia Việt Nam ngày 15/11/1945 là mốc đặc biệt cần nhấn mạnh.