Tuy nhiên, bên cạnh như cơ hội mới do TPP mang lại, Việt Nam cũng sẽ phải đối mặt với không ít thách thức. Thứ nhất, khi tham gia Hiệp định TPP bắt buộc các thành viên phải cắt giảm thuế, hầu hết các mặt hàng có mức thuế bằng không và do vậy các doanh nghiệp trong nước phải đối mặt với sự cạnh tranh ngày càng khốc liệt hơn với các doanh nghiệp nước ngoài.
Thứ hai, việc áp dụng tiêu chuẩn mới trong TPP sẽ tạo ra những rào cản kỹ thuật (kể cả lao động và môi trường), quyền lợi của nhà đầu tư…. mặc dù TPP rất hấp dẫn nhưng không phải dễ dàng để đạt được.
Thứ ba, quyền Sở hữu trí tuệ trong TPP đề cập tới tất cả các nội dung như nhãn hiệu, chỉ dẫn địa lý, quyền tác giả, bằng sáng chế, bí mật kinh doanh, đến việc thực thi quyền sở hữu trí tuệ, nguồn gen và tri thức truyền thống.... Có thể nói, những quy định của TPP về SHTT cao hơn, chế tài khắc nghiệt hơn hẳn so với các hiệp định trước đây, tạo ra nhiều thách thức cho các doanh nghiệp Việt Nam.